Oui, l'intolérance au gluten est un symptôme GAPS. Le gluten est une grosse molécule de protéine, assez difficile à digérer, même pour les personnes ayant un intestin sain. Les personnes dont la flore est anormale et dont la fonction intestinale est donc endommagée sont difficilement capables de décomposer le gluten. Lorsque le gluten est partiellement digéré, le système immunitaire peut développer des anticorps contre lui, ce qui conduit à la maladie cœliaque.
